杭州师范大学药学院定位是高起点、小而精的研究型学院，遵循教学与科研并重，学科建设与研究开发相互促进，应用性学科与产学研融合发展的建设理念；始终坚持国务院与药学教指委关于药学人才的培养目标——懂医精药、善研善成；积极践行“四个整合”的教学与科研理念：药学与医学整合、中医与西医整合、基础与临床整合、研究与转化整合；努力打造五位一体“学院、研究院、工程技术中心、学会、企业”产学研结合平台；致力于培养“三型”人才：培养创新型、复合型生物医药优秀人才。